Objective To estimate the measles effective reproduction number (R) in Australia by modelling routinely collected notification data. Methods R was estimated for 2009–2011 by means of three methods, using data from Australia's National Notifiable Disease Surveillance System. Method 1 estimated R as 1 − P, where P equals the proportion of cases that were imported, as determined from data on place of acquisition. The other methods estimated R by fitting a subcritical branching process that modelled the spread of an infection with a given R to the observed distributions of outbreak sizes (method 2) and generations of spread (method 3). Stata version 12 was used for method 2 and Matlab version R2012 was used for method 3. For all methods, calculation of 95% confidence intervals (CIs) was performed using a normal approximation based on estimated standard errors. Findings During 2009–2011, 367 notifiable measles cases occurred in Australia (mean annual rate: 5.5 cases per million population). Data were 100% complete for importation status but 77% complete for outbreak reference number. R was estimated as < 1 for all years and data types, with values of 0.65 (95% CI: 0.60–0.70) obtained by method 1, 0.64 (95% CI: 0.56–0.72) by method 2 and 0.47 (95% CI: 0.38–0.57) by method 3. Conclusion The fact that consistent estimates of R were obtained from all three methods enhances confidence in the validity of these methods for determining R.
Resumen Objetivo Estimar el número de reproducción efectiva del sarampión (R) en Australia mediante el modelado de datos de notificaciones recopilados de forma rutinaria. Métodos Se estimó R para 2009–2011 a través de tres métodos y con los datos del Sistema nacional de vigilancia epidemiológica de enfermedades de notificación obligatoria de Australia. El método 1 estimó R como 1– P, donde P es igual a la proporción de casos que fueron importados, según lo determinado a partir de datos del lugar de adquisición. El resto de métodos estimó R mediante la adaptación de un proceso de ramificación subcrítico que modelaba la propagación de una infección con un R dado a las distribuciones observadas de tamaños del brote (método 2) y a las generaciones de propagación (método 3). Se empleó la versión 12 de Stata para el método 2 y la versión R2012 de Matlab para el método 3. Se realizó el cálculo de intervalos de confianza del 95 % (IC) para todos los métodos por medio de una aproximación normal basada en errores estándar estimados. Resultados Durante 2009–2011, se dieron 367 casos de sarampión de declaración obligatoria en Australia (tasa anual media: 5,5 casos por millón de habitantes). Los datos estaban completos al 100 % para el estado de importación, pero al 77 % para el número de referencia del brote. R se estimó como < 1 para todos los años y tipos de datos, con valores de 0,65 (CI del 95 %: 0,60–0,70) a través del método 1, 0,64 (IC del 95 %: 0,56–0,72) con el método 2 y 0,47 (IC del 95%: 0,38–0,57) con el método 3. Conclusión La obtención de estimaciones consistentes de R mediante los tres métodos aumenta la confianza en la validez de estos métodos para determinar R.
Résumé Objectif Estimer le taux de reproduction efficace de la rougeole (R) en Australie en modélisant les données de notification de routine recueillies. Méthodes R a été estimé pour la période 2009-2011 à l'aide de 3 méthodes, en utilisant les données du Système de Surveillance des Maladies à Déclaration Obligatoire de l'Australie. La méthode 1 a estimé que R est égal à 1 – P, où P est égal à la proportion de cas importés, tels que déterminés à partir des données obtenues sur le lieu de l'acquisition. Les autres méthodes ont estimé R en ajustant un processus de ramification sous-critique qui modélise la propagation d'une infection avec un R donné pour les distributions observées de l'ampleur de l'épidémie (méthode 2) et des générations de la propagation (méthode 3). Le logiciel Stata version 12 a été utilisé pour la méthode 2, et la logiciel Matlab version R2012 pour la méthode 3. Pour toutes les méthodes, le calcul des intervalles de confiance à 95% (IC) a été effectué en utilisant une approximation normale basée sur les erreurs type estimées. Résultats Au cours de la période 2009-2011, 367 cas de rougeole à déclaration obligatoire ont été enregistrés en Australie (taux moyen annuel: 5,5 cas par million d'habitants). Les données étaient complètes à 100% pour le statut de l'importation, mais complètes à seulement 77% pour le numéro de référence de l'épidémie. R a été estimé comme étant < 1 pour toutes les années et tous les types de données, avec des valeurs de 0,65 (IC à 95%: 0,60-0,70) obtenues par la méthode 1, avec des valeurs de 0,64 (IC à 95%: 0,56–0,72) par la méthode 2 et avec des valeurs de 0,47 (IC à 95%: 0,38–0,57) par la méthode 3. Conclusion Le fait que des estimations cohérentes de R ont été obtenues à partir de ces 3 méthodes renforce la confiance dans la validité de ces méthodes pour la détermination de R.